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借助植物线粒体基因组中常用的Mater圆模型，我们将图形化的线粒体基因组称为主图，其中包含线粒体DNA序列和所有化学计量水平的潜在结构信息。

植物线粒体基因组的大小差异很大，从68 kb（Viscum scurruloideum）到11,319 kb（Silene conica），可以相差一百倍以上；序列重组非常频繁，包括环状、直链、支链等不同的分子结构。